Le parcours souterrain se déroule dans des vestiges archéologiques qui témoignent des différentes périodes d’occupation du site et qui permettent de redécouvrir les origines de la ville née au 17^e siècle.

La visite débute dans les vestiges du premier cimetière catholique de Ville-Marie (1643), et se poursuit dans les fondations du Royal Insurance Building (1861-1951), puis dans la crypte archéologique. Ces vestiges relatent l’histoire du site depuis la période amérindienne jusqu’au 19^e siècle.

Dans un espace consacré aux familles, les jeunes découvrent le mode de vie des Iroquoiens du Saint-Laurent avec des ateliers libres sur les rôles des femmes, hommes et enfants. Les visiteurs peuvent aussi admirer les vestiges du bâtiment, le Royal Insurance Building, dont la forme triangulaire a inspiré à l’architecte Dan S. Hanganu la configuration actuelle du Musée. Le parcours se poursuit ensuite en passant par une impressionnante canalisation voûtée en pierre construite entre 1832 et 1838 dans le lit de la Petite rivière.

Une fresque soulignant la Grande Paix de Montréal de 1701 relie les vestiges sous l’Éperon à ceux de la crypte archéologique où une maquette illustre l’évolution du premier cœur urbain de Montréal. Une grande murale interactive permet aussi de reconstituer l’histoire portuaire de Montréal dans les années 1840.

Enfin, grâce à des projections avec personnages virtuels, une scène de marché en 1750 a été reconstituée et elle offre une incursion dans la vie quotidienne de la principale place publique de la ville.